Em 1718 foi iniciada a construção do novo templo dedicado a São Francisco Xavier, que foi concluído em 1729 pelos missionários da Companhia de Jesus, que anteriormente haviam construído uma igreja em honra ao santo, em uma aldeia ao norte do Rio Itaguaí, onde existia uma demarcação do rio Piassuguera, aldeia esta também instalada pelos jesuítas. Esta nova igreja erguida pelos missionários jesuítas continua sendo até hoje a matriz de Itaguaí. Itaguaí passou à categoria de Paróquia em 1795.
por 